Sát Thủ Nhân Tạo 2: Mẫu Vật Còn Lại bắt đầu bằng việc lý giải nguồn gốc của nhân vật Goo Ja Yoon (Kim Da Mi) trong phần đầu và nhân vật mới Cynthia (Shin Si Ah) sẽ dẫn dắt mùa này, đồng thời giới thiệu một loạt những nhân vật mới bao gồm Jang (Lee Jong Suk) người của tổng cục, Jo Hyun (Seo Eun Su) một sát thủ đã rời tổ chức và nhóm sát thủ trẻ cũng có năng lực tương tự như nhóm do Nobleman (Choi Woo Shik) lãnh đạo trong phần phim trước.